就業規則は、法令に反してはならないほか、当該事業場に適用される労働協約にも反してはならず、行政官庁は、法令又は労働協約に牴触する就業規則についてその変更を命ずることができる。

正しい。労働基準法92条1項は就業規則が法令及び当該事業場に適用される労働協約に反してはならないことを、同条2項は行政官庁の変更命令権を定めている。労働契約との関係については、同法93条により労働契約法12条の定めるところによる。