労働者と使用者が就業規則で定める基準を下回る労働条件を個別に合意していた場合、その合意はその部分について効力を生ぜず、当該部分の労働条件は就業規則で定める基準まで引き上げられる。

正しい。労働契約法12条は、就業規則で定める基準に達しない労働条件を定める労働契約はその部分について無効とし、無効となった部分は就業規則で定める基準によると定めている。これを就業規則の最低基準効という。同法7条ただし書及び10条ただし書は個別の合意を優先させるが、いずれも12条に該当する場合を除いており、就業規則を下回る合意までは有効とならない。