総合課税とされる譲渡所得の金額の計算上、譲渡益から50万円の特別控除額を控除する場合には、まず、資産の取得の日以後5年以内にされた譲渡による所得に係る部分の金額から控除する。

譲渡所得の特別控除額は50万円であり（所得税法33条4項）、譲渡益からこれを控除するときは、まず取得の日以後5年以内にされた譲渡による所得（同条3項1号）に係る部分の金額から控除する（同条5項）。長期のものは総所得金額に算入される際に2分の1とされるため、短期のものから先に控除するほうが納税者に有利となる。