個人が土地を譲渡した場合において分離課税とされる譲渡所得の金額の計算上は、譲渡益から50万円の譲渡所得の特別控除額を控除することができる。

50万円の特別控除は総合課税の譲渡所得について定められたものであり（所得税法33条4項）、土地建物等の譲渡による分離課税の譲渡所得については、この特別控除額を控除しないで金額を計算する。居住用財産の3,000万円特別控除など分離課税の特別控除は、租税特別措置法に定める個別の特例による。