収用等に伴い代替資産を取得した場合の課税の特例の適用を受けた個人は、その譲渡した資産の所有期間が10年を超えるものであっても、同一の譲渡について居住用財産を譲渡した場合の軽減税率の特例を重ねて適用することはできない。

軽減税率の特例の対象となる譲渡からは、租税特別措置法33条から33条の3まで（収用等に伴い代替資産を取得した場合等の課税の特例）の適用を受けるものが除かれている（措法31条の3第1項）。これに対し、収用交換等の5,000万円特別控除（33条の4）は除外の対象に挙げられておらず、軽減税率と併せて適用することができる。