独立行政法人が所有する固定資産については、その用途を問わず、人的非課税に当たるものとして市町村は固定資産税を課することができない。

人的非課税として固定資産税を課することができないのは、国並びに都道府県、市町村、特別区、これらの組合、財産区及び合併特例区に限られており、独立行政法人はこの列挙に含まれていない（地方税法348条1項）。独立行政法人水資源機構等が直接その本来の事業の用に供する固定資産が非課税とされるのは、用途に着目した同条2項3号の定めによるもので、用途を問わない非課税ではない。なお不動産取得税では地方独立行政法人が非課税の列挙に含まれており（73条の3第1項）、両税で範囲が異なる。