船員保険は全国健康保険協会が管掌するが、協会が管掌する船員保険の事業に関する業務のうち、被保険者の資格取得及び資格喪失の確認、標準報酬月額と標準賞与額の決定、疾病任意継続被保険者に係るものを除く保険料の徴収及びこれらに附帯する業務は、厚生労働大臣が行う。