共用部分である旨の登記がある建物についても、その表題部所有者又は所有権の登記名義人であれば、他の建物との合併の登記を申請することができる。

56条1号は、共用部分である旨の登記又は団地共用部分である旨の登記がある建物の合併の登記をすることができないと定めている。建物の合併の登記を申請できる者が表題部所有者又は所有権の登記名義人に限られること（54条1項3号）とは別に、この制限がかかる。