都道府県知事の免許を受けようとする者は、登録免許税法の定めるところにより登録免許税を納めなければならない。

登録免許税を納めるのは国土交通大臣の免許を受けようとする者であり、知事免許についてはこの定めがない。また、大臣免許の更新を受けようとする者は政令で定める手数料を納める（法3条6項、施行令2条1項では3万3,000円、電子情報処理組織を使用する場合は2万6,500円）。